Funcionalismo realista. La pretensión hjelmsleviana de convertir la teoría lingüística en una «teoría de las formas puras», independientemente  de las sustancias conformadas (fónica o semántica) abocaba a la esterilidad. La necesidad de tomar en consideración las sustancias conformadas de convertir, al fin, «el funcionalismo algrebraico» en un «funcionalismo realista», reclamado por Martinet, lo asume Alarcos, que ya lo había adoptado en la Fonología Española.

La Morfemática. Frente a los descriptivistas americanos que basan  sus investigaciones gramaticales en el estudio de la expresión (Morfofonología) Alarcos mantiene que «los paradigmas gramaticales son paradigmas de unidades de contenido». El contenido de la expresión, es decir, de los formantes se agota una vez ha realizado su función distintiva. Las oposiciones, el auténtico valor gramatical, se establecen dentro de la unidad de contenido morfema. Por eso la gramática alarquiana es, esencialmente, no una Morfología sino una «Morfemática», una disciplina de orientación paradigmática que estudia los valores opositivos que se establecen dentro de los morfemas.

Estudios sobre el verbo. Del verbo trata su primer trabajo de 1947 y sobre el tema volverá en otras onces ocasiones (4, 10, 18, 20, 50, 72, 84, 86, 170, 192, 213). Frente a sus predecesores, establece unas premisas metodológicas que van a ser capitales:

1. La conjugación verbal es un sistema que se concreta en su interior por un conjunto reducido de oposiciones.

2. Por influjo de Jakobson sostiene en un principio que esas oposiciones son de carácter binario. A partir de 1962 rompe con el corsé binarista cuando establece la correlación modal en tres formas: canto/cantaré/cante.

3. Las oposiciones del sistema verbal se establecen en el plano del contenido, no en el plano de la expresión.

4. Aunque en sus manifestaciones teóricas iniciales defiende la necesidad de adoptar un formalismo hjelmsleviano fuerte, poco a poco se va inclinando hacia la inclusión de sustancias conformadas. De hecho, prácticamente todas sus descripciones se basan en rasgos distintivos.

5. En la determinación de las formas lingüísticas, Alarcos evita acudir a valores prototípicos para luego aplicar por desviación los usos anómalos.

Sus aportaciones a la teoría verbal han sido muy importantes:

1. Introduce la categoría aspecto para diferenciar los valores que representan las formas cantaba/canté.

2. Las formas compuestas dejan de ser meras perífrasis para ser incorporadas definitivamente al sistema verbal como portadoras de valor lexemático de «anterioridad».

3. Sustituye la categoría tradicional «tiempo», sólo aplicable a usos prototípicos, y la sustituye por el valor más general «perspectiva» (de «proximidad» en canto, de «alejamiento» en cantaba y canté).

4. Incluye los valores correspondientes a las formas cantaré y cantaría dentro de la correlación del modo verbal.