Aunque ha sido estudioso aplicado e introductor agudo y práctico de los nuevos métodos del estructuralismo y funcionalismo lingüístico, no era la reflexión teórica el locus amoenus de Alarcos. Al contrario  de otros maestros que diseñaban modelos para la remodelarlos no bien han salido a la luz, D. Emilio prefirió moverse en terreno seguro y hacer camino al andar. La teoría se haya dispersa en los trabajos aplicados a los diferentes ámbitos de la filología. La reconstrucción de su pensamiento sintáctico se ha de rastrear a través de las huellas diseminadas que impregnan todos sus trabajos.

Sin embargo, cuando fue necesario y para ello requerido, no rehusó nunca recluirse en la reflexión teórica. A parte de las valiosísimas introducciones a la Fonología Española y a la Gramática Estructural asombra también el número y la variedad de estudios que se pueden encuadrar en el ámbito de la Lingüística General. Distinguimos varios apartados: teórica lingüística (32, 89, 91, 92, 101, 131); generalidades en torno a la gramática funcional (158, 224, 193, 181, 153); presente y futuro del español (187, 204, 206, 210) y otros temas (63, 66, 201).